A vinculação administrativa do mecanismo deve ser tal que assegure sua autonomia administrativa, funcional e financeira.
No Brasil, até 2022, os mecanismos estaduais estão vinculados ou ao Poder Legislativo ou ao Poder Executivo. O MEPCT/RJ está vinculado à Assembleia Legislativa do Rio de Janeiro. O MEPCT/PB está vinculado à Secretaria de Estado do Desenvolvimento Humano da Paraíba . O MEPCT/RO está vinculado à Secretaria de Estado da Assistência e do Desenvolvimento Social.
Não existe uma regra expressa sobre o posicionamento jurídico administrativo dos mecanismos de prevenção à tortura na estrutura da administração pública brasileira. Cada estado deve avaliar as vantagens e desvantagens de diferentes modelos segundo a conjuntura local. É preciso levar em conta a diversidade regional (avaliar a correlação de forças locais), fatores de instabilidade política que possam acarretar a fragilização da autonomia política e administrativa e a fragilidade orçamentária que poderia comprometer a estrutura para execução do trabalho.
Em alguns estados já se debateu sobre a possibilidade de se vincular os mecanismos estaduais à Defensoria Pública, ao Ministério Público ou ao Poder Judiciário (vinculado à Execução Penal). Porém ainda não existem exemplos concretos neste sentido.
Como mencionado, a independência é a espinha dorsal do MNPCT e dos mecanismos estaduais. Sem a mesma, a eficácia destes órgãos fica comprometida. Desta forma, é crucial que os mecanismos sejam criados por um ato normativo que garanta a segurança jurídica do órgão e a autonomia da atuação dos seus membros. Portanto, recomenda-se que os mecanismos sejam estabelecidos por lei (confira o art. 10 da Recomendação n.5 do Comitê Nacional). Esta é a prática que se tem até o momento, já que todos os mecanismos de prevenção à tortura em funcionamento no país foram instituídos por lei específica.