¿Qué tipo de estructura interna es la más apropiada para las INDH que son MNP?

La mayoría de las INDH que fueron designadas como MNP eligieron crear una unidad o área dedicada al MNP, dirigida por una figura senior, y con la única responsabilidad de prevenir – enfoque que es recomendado en las Directrices del SPT. Esto significa que las quejas individuales y las investigaciones son manejadas por un área distinta, y que el MNP puede enfocar su total atención en el trabajo preventivo. Si este enfoque es elegido, el área del MNP debería ser integrada también en una institución más amplia, que cuente con un sistema de interacción y de cooperación regular con otras áreas. Dicha cooperación puede cubrir: las quejas y cómo estas son recopiladas, transferidas e investigadas; las visitas a los lugares de detención; y las problemáticas temáticas que son relevantes para toda la institución. Esto es importante para garantizar la protección de las personas detenidas, y para asegurarse de que ambos, tanto el MNP como las otras unidades con mandatos duplicados, se beneficien mutuamente del intercambio de información, conocimiento y experiencia. Aunque, debido a las amplias y nuevas facultades del MNP para acceder a la información sensible, pueden existir ciertos límites con respecto a los tipos de información que el MNP puede compartir con las otras áreas. La cooperación relativa a temas como la capacitación y la educación, la comunicación, la reforma legislativa y otros asuntos también pueden ser de beneficio.

Otro enfoque, menos común, es crear o designar un área, de nuevo dirigida por una figura senior, cuya responsabilidad sea conocer sobre todas las problemáticas relativas a la privación de libertad. Esto significa que solamente un área realice las visitas preventivas como MNP, y también maneje e investigue las quejas individuales. Las ventajas de este enfoque están en potenciar e incrementar el compartir información y evitar duplicaciones. Los desafíos, sin embargo, son que el trabajo reactivo del manejo de las quejas domine el área, derivando en un énfasis insuficiente en la prevención. Esto es debido a que las quejas, con frecuencia, son ambas urgentes y abundantes. Mientras que un área de la INDH es usualmente responsable del trabajo del MNP, es importante subrayar que esa designación significa que la institución como un todo "es" el MNP y no solo un área específica (aunque las excepciones existen). Mientras que las áreas del MNP deberían de contar con autonomía operativa, esto no significa que estas deben estar cerradas o aisladas de toda la institución. Lo anterior, es debido a muchos de los motivos de sinergia y efectividad discutidos anteriormente. El reglamento interno de las instituciones y los organigramas deben entonces ser determinados con estos objetivos en mente.